Fondation Proton ist die Hauptaktionärin von Proton und hat die Aufgabe, den Schutz der Privatsphäre sowie die Förderung von Freiheit und Demokratie voranzutreiben. Die gemeinnützige Organisation vergibt Fördermittel, investiert in technologieprojekte zur Unterstützung eines offenen Internets und erhält Beiträge von Proton zur Finanzierung ihrer karitativen Aktivitäten, wenn die finanzielle Lage dies zulässt.