Die Kernaktivität der Fondation Agnodice besteht in der Unterstützung und Förderung von Transgender-Personen, insbesondere von Kindern und Jugendlichen unter 18 Jahren, sowie von Fachleuten, die mit diesen Personen arbeiten. Die Organisation bietet Beratung, Begleitung und Unterstützung in verschiedenen Bereichen wie Gesundheit, Bildung, Familie und Recht an. Sie verfolgt das Ziel, eine inklusivere Gesellschaft zu fördern, die die Vielfalt der Geschlechter und ihrer Ausdrucksformen anerkennt und respektiert.