L'activité principale de la Fondation Agnodice consiste à soutenir et à promouvoir les personnes transgenres, en particulier les enfants et les jeunes de moins de 18 ans, ainsi que les professionnels qui travaillent avec ces personnes. L'organisation offre des conseils, un accompagnement et un soutien dans divers domaines tels que la santé, l'éducation, la famille et le droit. Elle vise à promouvoir une société plus inclusive qui reconnaît et respecte la diversité des genres et de leurs formes d'expression.