Die Kernaktivität der WEEPI Foundation besteht in der Förderung von Forschungsprojekten und Maßnahmen zur Verbesserung der Gesundheitsversorgung bei HIV, viralen Hepatitis und Tuberkulose, insbesondere in Osteuropa. Dazu gehören die Finanzierung von Forschungsprojekten, die Unterstützung von Kapazitätsaufbau-Maßnahmen und die Förderung von Partnerschaften zwischen Gesundheitseinrichtungen. Die Stiftung konzentriert sich auf die Verbesserung der Qualität der Gesundheitsversorgung, die Reduzierung von Barrieren für die Diagnose und Behandlung sowie die Generierung von Beweisen für neue Ansätze in der Gesundheitsversorgung.