L'activité principale de la fondation WEEPI consiste à promouvoir des projets de recherche et des mesures visant à améliorer les soins de santé pour le VIH, l'hépatite virale et la tuberculose, en particulier en Europe de l'Est. Cela inclut le financement de projets de recherche, le soutien à des mesures de renforcement des capacités et la promotion de partenariats entre les établissements de santé. La fondation se concentre sur l'amélioration de la qualité des soins de santé, la réduction des obstacles à la diagnose et au traitement ainsi que la génération de preuves pour de nouvelles approches en matière de soins de santé.